ความแตกต่างพื้นฐานระหว่างโปรตีนจากพืชและสัตว์ โปรตีนจากสัตว์มักมีกรดอะมิโนจำเป็นครบทั้ง 9 ชนิดในปริมาณที่สูงพอ จึงถูกเรียกว่าเป็นโปรตีน “สมบูรณ์” และร่างกายนำไปใช้สร้างเนื้อเยื่อได้สะดวกกว่าในหลายกรณีโปรตีนจากพืชหลายชนิดมีกรดอะมิโนบางตัวต่ำ หากไม่วางแผนมื้ออาหารให้หลากหลายอาจขาดกรดอะมิโนจำเป็นบางชนิดได้นอกจากกรดอะมิโนแล้ว โปรตีนจากสัตว์มักมาพร้อมกับไขมันอิ่มตัว และคอเลสเตอรอล ขณะที่พืชให้ใยอาหาร วิตามิน และสารต้านอนุมูลอิสระมากกว่าความสามารถในการย่อยและดูดซึมก็แตกต่างกันไปตามแหล่งอาหารและการแปรรูป เช่น เนื้อแดงนุ่มย่อยง่ายกว่าในการให้กรดอะมิโน ขณะที่ถั่วต้องมีการปรุงหรือแช่เพื่อลดตัวยับยั้งการย่อยเมื่อเข้าใจพื้นฐานเหล่านี้แล้ว การเลือกจึงขึ้นกับเป้าหมายสุขภาพ ไลฟ์สไตล์ และเงื่อนไขทางการแพทย์ของแต่ละคน คุณภาพของโปรตีนและการตอบสนองต่อร่างกาย คุณภาพโปรตีนวัดได้จากปริมาณกรดอะมิโนจำเป็นและการย่อยดูดซึม ซึ่งสัตว์มักมีคะแนนสูงกว่าในดัชนีต่าง ๆ เช่น PDCAAS หรือ DIAASสำหรับผู้ที่ต้องการเพิ่มมวลกล้ามเนื้อหรือฟื้นฟูร่างกายหลังการออกกำลังกาย โปรตีนจากสัตว์มักให้ผลเร็วขึ้นเพราะมีเลิวซีนสูงและดูดซึมได้ดีอย่างไรก็ตาม โปรตีนจากพืชที่ผ่านการแปรรูปเป็นไอโซเลตหรือผงโปรตีนจากถั่วหรือซีอาร์เอชก็ให้คุณภาพใกล้เคียง และสามารถทดแทนได้เมื่อวางแผนมื้อให้ครบถ้วนความสำคัญอีกอย่างคือปริมาณโปรตีนต่อมื้อ